Die Ultimative Software-Pakete CD-ROM fur Atari Collection 1996 & 1997

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Text File | 1996-09-18 | 16.1 KB | 434 lines

Moleküle 3D Info Auf der Diskette muß der Ordner "MOLEKUEL" mit folgenden Dateien vorhanden sein: - MOLEKUEL.PRG (enthält das Programm) - MOLEKUEL.DAT (enthält das Programmlogo) - RADIEN.DAT (enthält Atom-, Ionen- und v.d. Waals-Radien) - FARBEN.DAT (enthält eine Grafik für die Farbabstimmung) - RGB.DAT (enthält Daten für die Farbabstimmung) Nützlich sind noch die Files - DEMO.KOO (Demo-File für Koordinaten) - DEMO.BIN (Demo-File für Bindungen) - DEMOx.PI2 (Demografik für hohe Auflösung ) - DEMOx.PI1 (Demografik für mittlere Auflösung) - TEST.KOO (Demo-File für die Lage der Achsen im Raum) - TEST.BIN (zugehörige Bindungen) - INFO.DOC (Dieses Info als 1st-Word-File) - INFO.ASC (Dieses Info als ASCII-File) Für die Darstellung der Moleküle sind zweierlei Informationen notwendig: - Atomsymbol und X,Y und Z-Koordinaten - Verbindungsliste der Atome Es können bis zu 216 Atomkoordinaten und 216 Bindungen definiert werden. Die Anzahl der Bilder für eine Bildfolge hängt vom freien Speicher ab. Der vorhandene Speicher wird vom Programm festge- stellt und die daraus resultierende maximale Anzahl an Bildern ermittelt. Pro Bild werden ca. 19 kB RAM benötigt. Bei einem Speicher von 1 MB mit TOS im ROM können etwa 40 Bilder abgelegt werden. Man erhält ab etwa 30 Bildern einen relativ ruckfreien Bewegungsablauf. Das Programm arbeitet in der hohen und mittleren Auflösung! 0 Programmstart Nach dem Öffnen des Ordners "MOLEKUEL" wird das Programm durch Doppelklick auf "MOLEKUEL.PRG" gestartet. Sollten vom Programm benötigte Programmteile nicht im Ordner vorhanden sein, bricht das Programm mit einer entsprechenden Meldung ab und kehrt zum Desktop zurück. Im anderen Fall erhält man nach Drücken einer Maustaste eine Menuezeile, auf die wie gewohnt zugegriffen werden kann. Im unteren Teil des Bildschirms befinden sich Informationen über im Speicher berfindliche Daten. Außerdem wird der freie Speicher auf der Diskette im Arbeitslaufwerk angezeigt. Arbeits- laufwerk ist zunächst das Laufwerk, von dem das Programm gestar- tet worden ist. Soll das Arbeitslaufwerk gewechselt werden, kann dies durch Anklicken der Pfeile links bzw. rechts von der Laufwerksbezeichnung geschehen. Grundsätzlich sind - zumindest für das Betriebssystem des Rechners - die Laufwerke A: und B: vorhanden. Wird bei nur einem tatsächlich angeschlossenem Lauf- werk B: angewählt, fordert das System zum Wechsel der Diskette auf. Auf alle anderen Laufwerke (RAM-Disk, Hard-Disk etc.) kann dagegen nur zugegriffen werden, wenn diese auch angemeldet sind. Die Angabe über den freien Speicher auf einer Diskette wird nur dann automatisch aktualisiert, wenn ein schreibender Disketten- zugriff stattgefunden hat. Eine Aktualisierung, z. B. nach Diskettenwechsel, kann durch Anklicken auf das Feld "Freier Speicher" erzwungen werden. 1 Daten 1.1 Koordinaten editieren Die Eingabe der Koordinaten erfolgt nach Anklicken des Menue- punkts "KOORDINATEN EDITIEREN". Man gelangt dadurch in einen Editor, der die Dateneingabe ermöglicht. In der Spalte "Art" kann das Atomsymbol eingegeben werden, in den Spalten X, Y und Z die Koordinaten. Zur Eingabe bewegt man den Mauszeiger auf die gewünschte Spalte und Zeile und drückt dann die linke Maustaste. Der Mauszeiger verschwindet und die Eingabe kann erfolgen. Sie ist mit "RETURN" zu beenden. Danach springt die Eingabemarke eine Zeile nach unten und ermöglicht die nächste Eingabe. Soll dieser Vorgang beendet werden, so ist die "ESC"-Taste zu drücken. Der Mauszeiger wird wieder sichtbar und man kann nun ein anderes Feld auf dem Bildschirm anklicken. Die Pfeile nach oben bzw. nach unten bewirken ein Scrolling in die angegebene Richtung. Der einzelne Pfeil bewirkt ein Scrolling um eine Zeile, der Doppel- pfeil um 15 Zeilen. In der Zeile "Molekül" kann der Name des Moleküls eingetragen werden. Über des Feld "Menue" kommt man zum Hauptmenue zurück. 1.2 Bindungen editieren Dieser Menuepunkt ermöglicht die Eingabe bzw. Änderung der Bindungsliste. Die Eingabe erfolgt analog wie unter "Koordinaten editieren" beschrieben. Nach der Eingabe eines Atom-Paares wird angezeigt, um was für eine Bindung es sich handelt (z.B. C-C). Außerdem wird die Bindungslänge berechnet und ausgegeben. Man hat somit die Möglichkeit, seine Eingabe auf Richtigkeit zu überprü- fen und ggf. eine zu lange oder zu kurze Bindung zu finden. Außerdem wird überprüft, ob die angegebenen Atome überhaupt vorhanden sind. Sollten z.B. 37 Atomkoordinaten definiert sein und man gibt eine Bindung zwischen Atom 34 und 38 an, so wird dies als Bindung zwischen "34 + 0" angezeigt. Es ist daher notwendig, vor der Eingabe der Bindungen die Atomkoordinaten zu laden oder einzugeben. 1.3 Koordinaten/Bindungen speichern Nach erfolgter Eingabe sollten die Daten gespeichert werden. Dazu sind die Punkte "KOORDINATEN SPEICHERN" bzw. "BINDUNGEN SPEI- CHERN" anzuwählen. Für die Koordinaten sollte der Dateiname mit dem Bezeichner ".KOO" bzw. für die Bindungen mit dem Bezeichner ".BIN" enden. 1.4 Koordinaten/Bindungen laden Hierzu sind die Punkte "KOORDINATEN LADEN" bzw. "BINDUNGEN LADEN" anzuwählen. Für die Koordinaten ist der Dateiname mit dem Bezeichner ".KOO" bzw. für die Bindungen mit dem Bezeichner ".BIN" voreingestellt. 1.5 Koordinaten/Bindungen löschen Durch Anwahl dieses Punktes werden alle Koordinaten und Bindungen im Speicher gelöscht. 1.6 Koordinaten/Bindungen mischen Dieser Menuepunkt führt zur Vereinigung zweier Dateien. Sollen zum Beispiel zwei Moleküle miteinander auf dem Bildschirm verglichen werden, so kann man dies folgendermaßer erreichen: zuerst werden die Koordinaten und danach die Bindungen des ersten Moleküls mit "Koordinaten laden" und "Bindungen Laden" in den Speicher gebracht. Danach werden die Koordinaten des zweiten Moleküls mit "Koordinaten mischen" geladen. Dadurch wird die zweite Atomliste an die erste angehängt. Abschließend wird die zweite Bindungsliste mit "Bindungen mischen" geladen. Es können soviele Moleküle "gemischt" werden wie Speicherplätze vorhanden sind (Maximalwerte siehe oben). Es ist aber unbedingt darauf zu achten, daß immer wechselweise Koordinaten und Bindungen "gemischt" werden! 1.7 Radien editieren Man gelangt in einen Editor (Beschreibung siehe unter "KOORDINATEN EDITIEREN"), der es erlaubt, die vorhandene Liste der Radien zu erweitern bzw. zu verändern. Das Elementsymbol "CA" steht für Kohlenstoff in aromatischen Ringen. "CM" steht für Kohlenstoff in Methyl- bzw. Methylengruppen. Diese Unterscheidung ist nur bei van der Waals-Radien von Bedeutung. Alle Radien sind in Einheiten des Koordinatensystems anzugeben (i. A. Angström). 1.8 Radien speichern Zum Speichern muß sich die Diskette mit dem Ordner "MOLEKUEL" im Arbeitslaufwerk befinden, da die Speicherung immer in das File "RADIEN.DAT" im Ordner "MOLEKUEL" erfolgt. Ist der Ordner nicht vorhanden, so wird Fehler Nummer -34 (Pfadname nicht gefunden!) ausgegeben. Diese Datei wird automatisch vom Programm zu Beginn geladen, da sie alle notwendigen Daten für die Darstellung der Radien enthält. Entsprechend sorgfältig sollte diese Datei gepflegt werden! 2 Inport Da die Atomkoordinaten i.A. aus Rechnungen von Großrechnern stammen, sollte man, falls die Möglichkeit besteht, die Daten zwischen Großrechner und dem Atari ST über die RS-232-C Schnitt- stelle austauschen, um sich das fehlerträchtige Eintippen der Koordinaten ersparen. Für gängige Rechenverfahren werden fertige Einleseroutinen zur Verfügung gestellt. Weitere können auf An- frage erstellt werden. 2.1 MNDO-Daten laden Soll eine Datei mit Atomkoordinaten aus einer MNDO-Rechnung geladen werden, so muß diese Datei folgenden Aufbau haben: Zeile 1 Spalte 1-80: Name des Moleküls (Kommentar) Zeile 2-n Symbol und Koordinaten des Atoms, wobei gilt: Spalte 16-17: Atomsymbol oder Ordnungszahl bis 20 Spalte 21-30: X-Koordinate Spalte 31-40: Y-Koordinate Spalte 41-50: Z-Koordinate Zeile n+1 Spalte 1-2: /* Zeile n+2 Spalte 1-2: // Das Format der Zeilen 2 bis n entspricht dem Ausgabeformat des MOPAC-Programms in der Version 2.00. Die Zeilen 1 bzw. n+1 und n+2 sind vorher "von Hand" zu ergänzen. 2.2 Ab-Initio-Daten laden Noch nicht implementiert! 2.3 Gauss80-Daten laden Noch nicht implementiert! 3 Grafik 3.1 Zeigen Zeigt die letzte unter Berechnen angezeigte oder zuletzt geladene Grafik. 3.2 Invertieren Invertiert die letzte unter Berechnen angezeigte oder zuletzt geladene Grafik. 3.3 Hardcopy Erzeugt eine Hardcopy der zuletzt angezeigten Grafik. Dazu wird die Hardcopyroutine des Betriebsystems benutzt, die allerdings 24-Nadel-Drucker (NEC P6 u.ä.) nur ungenügend unterstützt. Bei Verwendung eines solchen Druckers muß vorher ein entsprechender Druckertreiber geladen werden. Die Hardcopy kann dann durch Drücken der Tastenkombination "ALTERNATE" + "HELP" erzeugt wer- den. 3.4 Laden Lädt eine zuvor abgespeicherte Grafik wieder ein. 3.5 Speichern Speichert die letzte unter Berechnen angezeigte Grafik als Gesamtgrafikbildschirm ab. Monochrome Bilder (Extender ".PI2") können mit monochrom-arbeitenden Grafikprogrammen wieder geladen und weiterbearbeitet werden. Bei Grafiken mittlerer Auflösung werden keine Farbinformationen mit abgespeichert. Eine Weiter- bearbeitung ist z. B. mit "PAINTER.ST" von Data Becker möglich. 4 Farben Dieser Menue-Punkt kann nur bei mittlerer Auflösung angewählt werden. 4.1 RGB-Werte einstellen Über diesen Menue-Punkt können die Farbwerte für die Rot/Grün- Darstellung an eine vorhandene Rot/Grün-Brille angepaßt werden. Dazu wird - sofern vorhanden - die 3D-Darstellung "FARBEN.DAT" geladen. Die Rot-, Grün- und Blauanteile können variiert werden. 4.2 RGB-Werte laden/speichern Eingestellte RGB-Werte können wieder geladen bzw. gespeichert werden. 5 Menue_2 / Grafik Berechnen Man erhält eine neue Menue-Zeile, unter der alle Parameter für die Darstellung des Moleküls festgelegt werden können. Dieser Menuepunkt kann erst angewählt werden, wenn Koordinaten und Bindungen vorhanden sind (laden oder eingeben). Es erscheint dann ein Feld für die Ausgabe der Grafik (ca. 2/3 des Bildschirms) und ein Feld, über das verschiedene numerische Parameter eingestellt werden können. 5.1 Modi 5.1.1 Rotation um Ursprungs/aktuelle Achse Bei der Rotation um die Ursprungsachsen wird das Molekül um die X, Y oder Z-Achse gedreht. Diese Achsen liegen horizontal bzw. vertikal im Beobachtungsraum. Bei der Rotation um die aktuelle Achse wird die gewählte Verdrehung der X- bzw Y-Achse (siehe unten) berücksichtigt. Als Default ist die Rotation um die Ursprungsachse voreingestellt. 5.1.2 Rotation um die X, Y oder Z-Achse Legt fest, um welche der drei Achsen gedreht werden soll. Default: X-Achse. 5.1.3 Projektion Bei senkrechter Projektion wird das Molekül ohne Verzerrungen dargestellt. Bei perspektivischer Projektion werden Objekte nahe am Betrachter stärker verzerrt dargestellt als Objekte, die weiter entfernt sind (vergl. Abstand). Default: senkrechte Pro- jektion. 5.2 Grafik 5.2.1 Radien Legt fest, ob und welcher Radius am Endpunkt einer Bindung dargestellt werden soll (nur bei senkrechter Projektion). Werden die Radien dargestellt, sollte man vorher "BINDUNGEN ZEICHNEN" desaktivieren. Default: kein Radius. 5.2.2 Atomsymbol Legt fest, ob das Atomsymbol mit ausgegeben werden soll (nur bei senkrechter Projektion, nur wenn Radien nicht dargestellt wer- den!). Default: kein Atomsymbol. 5.2.3 Atomnummer Gibt die Nummer des Atoms gemäß der Eingabetabelle aus (nur bei senkrechter Projektion, nur wenn Radien nicht dargestellt wer- den). Default: keine Atomnummer. 5.2.4 Achsen zeichnen Legt fest, ob die Achsen des Koordinatensystems mit eingezeichnet werden sollen oder nicht. Default: nicht einzeichnen. 5.2.5 Bindungen zeichnen Legt fest, ob die Bindungen mit eingezeichnet werden sollen oder nicht. Default: einzeichnen. 5.3 Bilder 5.3.1 Einzelbild/Bildfolge Bei "Einzelbild" wird nur ein Molekül dargestellt. Bei der Bildfolge wird das Molekül um die durch Modus festgelegte Achse gedreht (vergl. auch Anzahl der Bilder und Winkel). Default: Einzelbild. 5.3.2 Bildgröße Mit 1/1 Bild wird die gesamte zur Verfügung stehende Fläche für die Darstellung benutzt. Bei 4/4 Bildern werden vier Bilder erzeugt, die um jeweils 90 Grad in X-, in Y- bzw in X- und Y- Richtung gegeneinander verdreht sind. Default: 1/1 Bild. 5.3.3 Farbiges Stereobild Dieser Menue-Punkt kann nur bei mittlerer Auflösung angewählt werden. Es werden zwei Bilder gezeichnet, die um den unter Punkt 5.5.7 festgelegten Winkel gegeneinander versetzt sind. Mit Hilfe einer Rot/Grün-Brille erhält man eine räumliche Darstellung (gegebenenfalls RGB-Anteile an die vorhandene Brille anpassen, siehe 3.1!). Es wird immer nur ein 1/1 Bild dargestellt. 5.4 Maßstab Legt fest, ob die Größe der Darstellung automatisch oder manuell bestimmt werden soll. Default: automatisch. 5.5 Einstellung der numerischen Parameter Die numerischen Werte können durch Anklicken des zugehörigen Pfeils nach links verringert, durch den Pfeil nach rechts erhöht werden. Drückt man dabei die linke Maustaste, erfolgt die Änderung in Einer-Schritten. Drückt man dagegen die rechte Maustaste, erfolgt die Änderung in Zehner-Schritten. 5.5.1 Bilder Gibt die Anzahl der Bilder an, die bei einer Bildfolge berechnet werden sollen. Der Maximalwert ist abhängig vom vorhandenen freien Speicher. Die Anzahl der Bilder bestimmt den Drehwinkel. Der Defaultwert entspricht dem Maximalwert. 5.5.2 Drehwinkel Gibt an, um wieviel Grad das Molekül bei einer Bildfolge weitergedreht wird. Der Minimalwert ist abhängig vom vorhandenen freien Speicher. Der Drehwinkel bestimmt die Anzahl der Bilder. Der Defaultwert entspricht dem kleinstmöglichen Drehwinkel. 5.5.3 Drehung um X/Y Legt fest, um wieviel Grad das Molekül im Raum gedreht darge- stellt werden soll. Defaultwert jeweils 0. 5.5.4 Größe in Pixeln Legt die halbe Größe der Grafik in Pixeln fest. Wirkt auch, wenn der Maßstab automatisch berechnet wird. Defaultwert ist 150. 5.5.5 Abstand Bestimmt den Abstand des Betrachters vom Objekt (nur bei perspek- tivischer Projektion). Defaultwert ist 16. 5.5.6 Einheit Legt fest, wie viele Pixel einer Einheit im Koordinatensystem entsprechen. Eine Änderung dieses Wertes wirkt sich nur aus, wenn die Bestimmung des Maßstabs manuell erfolgt. Defaultwert ist 40. 5.5.7 Stereobild Differenz Legt fest, um wieviel Grad sich die beiden Stereobilder voneinan- der unterscheiden. Die Angabe erfolgt in 1/10 Grad. Defaultwert: 25 entsprechend 2.5 Grad. 5.5.8 Zeige Bild Ermöglicht das bildweise Weiterschalten der Bildfolge, sofern zuvor eine Bildfolge berechnet worden ist. 5.5.9 Geschwindigkeit Verändert die Drehgeschwingkeit eines Moleküls in einer Bild- folge. Defaultwert ist 16 (Maximum). 5.5.10 Start Startet die Berechnung des Moleküls bzw. zeigt eine bereits berechnete Bildfolge. Alle Vorgänge wie Berechnen oder Zeigen können durch Drücken der rechten Maustaste beendet werden. 5.5.10 Zum Menue Kehrt zum Hauptmenue zurück. Änderungen vorbehalten!